De diagnose wordt gesteld door middel van het aantonen van het virus of afweerstoffen tegen het virus uit verdachte dieren. De diagnose MKZ kan worden gesteld door het aantonen van virus in bloed, blaar(wand)materiaal en/of kadavers. Ook kan de diagnose worden gesteld door het aantonen van antistoffen. Hiervoor is een aantal testen beschikbaar.
Geconstateerde klinische verschijnselen van MKZ moeten worden gemeld bij de RVV (centraal meldpunt 045 5354232). Na melding wordt het bedrijf bezocht door een specialistenteam, bestaande uit een dierenarts van de RVV, een dierenarts van de GD en de eigen dierenarts. Tijdens het bezoek wordt materiaal verzameld (bloed, eventueel blaar(wand)materiaal en/of kadavers. Dit materiaal wordt dan onderzocht door het CIDC te Lelystad.